冷水機冷凝器極易結垢，正常在夏季供冷期應該做日常水處理，否則在高硬度水質的環境下運行，循環水系統內溶于水中的無機鹽就會隨著溫度的升高結晶析出，在冷凝器換熱面管壁上形成水垢，導致熱交換效率降低。同時硬垢增加，則能耗上升，結硬質水垢1mm厚時會增加6%—8%。蒸發冷式一體化冷水機組
　　由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上細菌、藻類等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，會附著在冷凝器換熱管壁上形成泥垢，嚴重時造成管路堵塞；而污垢、粘泥會影響熱交換效率，多耗電能，造成高壓運行，嚴重時造成超壓停機，這些嚴重地影響了冷凝器的正常運行。
　　冷凝器清洗分為物理清洗和化學清洗，蒸發冷式一體化冷水機組物理清洗一般用高壓水射流將冷凝器銅管的泥垢清理出來；如果結垢為硬質水垢，應進行化學清洗，物理方式無法將水垢除去。為了使冷凝器在優化狀態下運行，就必須對冷凝器進行專門的化學藥物處理，清除水垢、銹蝕、粘泥、殺菌和防腐蝕處理，還原成清潔的金屬表面。蒸發冷式一體化冷水機組
　　清洗步驟
　　1、將冷卻水進出冷凝器的閥門關緊，利用溫度計管、壓力表管或排污管連接防腐泵、配液箱做成小循環系統，循環清洗。
　　2、先加入酸洗緩蝕劑，此藥劑為專用銅緩蝕劑，它附著在冷凝器金屬內壁上，防止酸和金屬發生反應。
　　3、加入固體酸洗清洗劑，用于清洗碳酸鈣垢為主要成份的水垢，清洗劑是復合固體有機酸，白色晶體，對金屬的無腐蝕性，為弱酸；清洗劑用量按設備結垢量而定。
　　4、加入中和鈍化劑，在冷凝器進行化學清洗后，中化殘酸，防止金屬表面氧化而生成二次浮銹。蒸發冷式一體化冷水機組
　　5、加入泥垢剝離劑（可選），如果冷凝器設備結垢較厚時，需要添加泥垢剝離劑，促進水垢反應后的生成物快速溶于水，加快深層水垢反應。
　　6、清洗工藝
　　清洗溫度：一般采用常溫清洗，如果結垢較厚可以在40—50℃清洗以提高清洗速度。
　　將進出機組的閥門關上，利用壓力表或溫度計管、防腐泵、酸液箱連成清洗循環系統。清洗時先加入緩蝕劑，緩蝕劑循環均勻后緩慢加入有機酸，清洗中應定時檢測反應情況，清洗劑不足時需補足，以保證有足夠的酸液和水垢反應，清洗中按水垢反應情況，可加入適量泥垢剝離劑、消泡劑等。蒸發冷式一體化冷水機組
　　清洗結束后，要將余液排出，并加入清水沖洗。蒸發冷式一體化冷水機組,冷凝器清洗后還需要加入中和鈍化劑，中和殘酸，以防止金屬內壁氧化。冷凝器清洗時間為5~10小時左右，按實際情況而定。